Elektronisk fakturering blir allt vanligare och har redan i stor usträckning ersatt pappersfakturan. Fördelarna med en e-faktura är faktureringstiden oftast kortas samtidigt som kostnaderna för utskrifter och porto minskar. E-faktura kan skickas till såväl företag och privatpersoner.
Vid införskaffandet av ett tidredovisningsprogram, som man avser att använda sig av under ett antal år framöver, rekommenderas att en modul för e-fakturering ingår. Även om faktureringen idag sker till övervägande del med faktura på papper är sannolikheten stor för att det kommer att ändras inom en inte alltför avlägsen framtid. Fler och flera kunder kommer att begära att erhålla e-faktura då det såväl förenklar som förbilligar hanteringen.
En avgörande skillnad mellan de enklare och mer avancerade tidredovisningsprogrammen är möjligheterna till att fakturera direkt från tidredovisningsprogrammet. De enklare programmen saknar oftast denna funktion medan de mer avancerade programmen ofta har väl utvecklade faktureringsfunktioner.
Om användaren redan har ett faktureringsprogram, vare sig detta är fristående eller utgör en modul i ett större affärssystem, finns oftast inte något behov av att kunna fakturera direkt från tidredovisningsprogrammet. I stället består behovet i att enkelt kunna exportera datan från tidreodvisningsprogrammet till faktureringsprogrammet.